Japon. Les jeunes chats Airi et Chie, les derniers ninjas du clan Neko, vivent de leur intelligence en s’appuyant sur la complicité de leur ami Sen, le samouraï shiba. Lorsque Sen est faussement accusé de meurtre, c’est à Chie de tenter de le disculper, se lançant dans une quête qui confrontera le dernier Neko à un secret longtemps gardé de leur clan.