Ember est un tout petit garçon dans un monde immense. Escorté à travers l’océan par son gardien, Lua, une tortue de mer géante, Ember peut enfin fréquenter une école à sa taille. Alors qu’il s’efforce de trouver sa place, il se retrouve au cœur d’un mystère. Un étrange monstre des profondeurs menace tout ce qui lui est cher. Mais comme tout bon écolier de la nature le sait, les apparences peuvent être trompeuses et l’amitié est parfois inattendue.