Après sa tentative d’insurrection, le Joker est à nouveau neutralisé par Batman et retrouve sa cellule à l’asile d’Arkham. Récemment élu au poste de maire de Gotham, Quincy Sharp décrète hors-la-loi tous les individus costumés, héros ou vilains, et confie la création du complexe pénitentiaire d’Arkham City au dangereux Hugo Strange, l’une des seules personnes vivantes à connaître la véritable identité de Batman. Un climat qui va inciter le Chevalier Noir à redoubler de vigilance…