Alors que les attaques des Nova sont à chaque fois plus violentes, les humains ont pris une décision cruciale pour leur avenir : le projet « Pandora Evolution », ou « plan E », est officiellement lancé. Son objectif est de donner à l’humanité les moyens de maintenir un système défensif opérationnel en permanence, en ne dépendant plus exclusivement des Pandora naturelles.