Sora et ses amis parviennent enfin au QG de l’Organisation XIII afin de sauver Kaïri ! Mais celle-ci s’est déjà échappée de sa cellule, grâce à l’aide de Riku, physiquement méconnaissable. Ils partent alors à la rencontre de leur ami, qu’ils trouvent aux prises avec Xigbar. De leur côté, Mickey et Ansem le Sage tâchent d’enrayer la progression de Kingdom Hearts…