Un groupe de révolutionnaires a placé une micro-bombe dans le cerveau de l’Impérator Tsuark, dirigeant de la planète Jonwoo. Désamorcer l’engin prêt à exploser ne peut se faire que de l’intérieur du corps et seule la Terre dispose de la technologie capable de sauver l’Impérator. À défaut d’agent expérimenté disponible, les élèves de Secret Service Space School sont mobilisés. Zappa, Tika, Raymond, Tükü et Carol!ne vont être réduits à une taille microscopique, puis introduits dans le corps de l’Impérator. L’aventure intérieure commence alors.