Seul, sans ami et amnésique, Superman est obligé de chercher refuge dans une ville hostile et inconnue : Smallville. Et le super-héros n’est pas au bout de ses peines. Une attaque de vaisseau extraterrestres, son rétrécissement contraint, la perte de ses pouvoirs, la justice à ses trousses ou encore la menace d’un virus mortel dont est atteint Kara, et les actions suspectes de Lex Luthor, Superman doit redoubler d’efforts pour gérer ces situations de crise.