La troisième année vient à peine de commencer, et voilà que Negi doit affronter une magicienne expérimentée et très dangereuse. Celle-ci a été vaincue par maître Thousand Il y a une quinzaine d’année, c’est alors qu’il la transforme en petite fille pour minimiser ses pouvoirs, et la condamne à rester au collège Mahora, où elle ne peut se servir de la magie que les soirs de pleine lune. C’est grâce à elle, et au contact de son hermine, Albert Camomille (dit Camo), que Negi se décidera à trouver sa partenaire afin de devenir plus fort, et de combattre à armes égales Evangeline. Le garçon est bien décidé à tenir tête à cette mauvaise magicienne, et d’en savoir un peu plus sur son père.